La raccolta mazziniana dell'Istituto è costituita in gran parte dal lascito della famiglia Nathan (in particolare da Ernesto e Sara Nathan) allo Stato, in connessione con il lascito della casa Rosselli Nathan, perfezionato nel 1913 dopo diverse iniziative parlamentari. Sotto la tutela della allora Soprintendenza Belle Arti, i cimeli furono risparmiati dalla distruzione dell'edificio, il 30 agosto 1943, e furono ricollocati nella rinnovata Domus Mazziniana alla sua fondazione nel 1952.
La raccolta comprende circa 300 lettere e documenti autografi mazziniani e molti oggetti personali, (capi di abbigliamento, penne, appunti e quaderni, l'orologio, ricette mediche ecc.) di Mazzini, e vari oggetti regalati da Mazzini ai suoi ospiti o viceversa. A prescindere dal valore storico dei pezzi, questi oggetti consentono anche un confronto con la vita quotidiana del secolo XIX, per tanti aspetti lontana dalla nostra: ad esempio, che Mazzini come tutti i suoi contemporanei, abbia imparato a scrivere con la penna d'oca e con questo strumento abbia continuato anche dopo la diffusione del pennino in metallo, intorno al 1840. E' poi esposta la raccolta dei libri di Mazzini, schedata dopo la morte dai suoi ospiti, e la chitarra della madre insieme con l'unico foglio di musica di pugno di Mazzini